利来国际最给利的老牌最新网址_利来国际娱乐网址

分子动力学模拟GROMACS初级培训班

时间:2019-07-02 22:37 文章来源:利来国际最给利的老牌最新网址 点击次数:

  本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台,在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握,为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。

  所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习,由国家超级计算深圳中心为学员提供充足稳定的测试资源。国家超级计算深圳中心采用曙光6000超级计算系统,每个计算节点由2颗Intel X5650六核心处理器组成、主频2.66GHz,内存48 GB Mem,NV Fermi C2050 GPGPU,QDR IB网络,曙光ParaStor或Lustre并行文件系统。整体计算能力实测峰值为1.271千万亿次浮点运算(1.271PFLOPS)。

  请学员提前熟悉linux 系统终端(Terminal)模式下的常用命令:pwd、cd、ls、mkdir、rm、mv、cat、head、tail、管道操作“”、文档编辑命令vi等。

  完成水和有机溶剂(甲醇和环己烷)的参数设置和模拟,进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布、粘度、表面张力、表面势能等计算分析。

  学员在此阶段可学习Amber/Charmm力场参数的构建、标准的分子动力学计算流程、气相和液相体系的模拟设置,以及GROMACS内置的数据分析程序,以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。

  完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算,分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键、静电和范德华作用等分析,同时尝试对氨基酸进行突变或修饰,并利用Discovery Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。

  学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令,了解软件对混合分子体系(蛋白质/配体/离子/水)的参数设置以及力场文件的修改,掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。

  利用Autodock Vina软件完成蛋白质-配体复合物的对接,并利用GROMACS进行进一步的结构优化和作用机理分析。

  学员在此阶段可学习Autodock Vina刚性和柔性对接的方法,复合物的结构预测及结合能的计算,进一步复习GROMACS软件对蛋白质-配体复合物体系的处理和结果分析。

  完成石墨烯、碳纳米管、金属有机骨架材料等体系的力场参数构建和分子模拟。学员在此阶段可学习GROMACS对规则材料和周期性体系的处理。

  完成膜蛋白体系(蛋白嵌入磷脂双分子层)和双相体系(甲醇/水、环己烷/水,核酸/环己烷/水)的设置和模拟。

  学员在此阶段可学习GROMACS对膜蛋白体系、混合溶剂体系、核酸体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化,复习混合分子体系参数的设置,学习力场参数文件的获取和手动编辑。

  利用Martini力场完成环糊精和膜蛋白的粗粒化参数设置和模拟,比较全原子力场和粗粒化力场的差异和适用范围。加强学员对GROMACS软件适用范围、mdp和top文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

  (2)可以预订应物会议中心的住房,有单人大床房或者双人标间,价格都是350/天,住宿费用需学员自行向会议中心结算。

热门排行